C.E.70。後に大戦といわれる戦争が幕をあけた。
地球対プラント。
両者はともに一歩も引かなかった。
C.E７１。パナマ。
この物語はここから始まった。
主人公ロイド・エスコールは親友でもあり好敵手アキト・キリヤと共にMSパイロットを目指して訓練していた。
だが、そんなある日パナマにザフト軍が攻め入ったのだ。
オペレーション・スピット・ブレイクの仕返しとばかりに攻め入るザフト軍。
ロイドはGAT-X142ブレイズを、アキトはGAT-X141レフューズをそれぞれ受領し、戦火を駆け抜けた。
地球軍は量産型MSストライクダガーを投入し、奮戦するがザフトの用意した「グングニ−ル」という特殊兵器の前に
敗退した。
その時ロイド達は上官であるリエン・ルフィードとミリア・アトレーの導きで命からがらパナマを脱出した。
その後、リエンの知り合いで傭兵部隊の「カラーズ」のメンバー、ヴェルド・フォニスト、エイス・アーリィ、アイリーン・フォスター、アルフ・ウォルスターと合流。
心強い味方が増えたロイド達だが、その前には敵が立ちはだかった。
ロイドとアキトの昔の友、カルラオーウェン。
カルラと戦闘するロイド達だが歯が立たず、危うく撃墜されるところだったが、そこへ地球連合軍強襲機動特装艦「アークエンジェル」が駆けつけ、オーブへと入港した。
だが、そのオーブにもアズラエル率いる連合艦隊が攻め寄り、結果、オーブは自爆し、ロイド達は一路宇宙へと
脱した。
その宇宙では地上とは比べ物にならない戦闘が続いた。
その戦闘でロイドは友アキトを失った。
怒り狂うロイド。
その時、ブレイズの隠されていた能力「G.O.D.SYSTEM」が発動。
恐るべき力でアキトを殺したカルラを圧倒、撤退させた。
そこでロイドは自らの秘密を知った。
自分はナチュラルではなく、本当はハーフコーディネイターであると。
そのことにロイドは驚いたが、アキトやリエンの説得により、見事復帰を遂げた。
その後戦局は疲弊したが、連合のザフト軍重要拠点ボアズへの核攻撃事件で再び戦況は動き始めた。
こうなっては止めるのは容易い事ではなかった。
互いに戦力を減らし、散っていくものも大勢いた。
「カラーズ」のアイリーンもその一人だった。
アルフを、愛する人を守るためにその身を犠牲にして守った。
そして、カルラは最強の力を得て再びロイドの前に現れた。
ZGMF-X21Aセフィウスを駆り、ロイドを追い詰める。
被弾するブレイズ。
だが、 最終的にロイドはセフィウスを撃破。
連合とザフト軍、地球とプラントの間に停戦協定が結ばれた。
が、そんな日々も長くは続かなかった。
ザフト軍の生き残りであるラヴィス・イシュリアは地球への隕石落下作戦「オペレーション・ラグナロク」を決行。
地球に脅威が迫る。
そんな脅威に立ち向かったのはロイドを初めとする新地球連合軍特殊部隊「ローレンス」。
彼らは全力でその作戦を阻止した。
阻止作戦の最中、ロイドはラヴィスの駆るセフィウスと対峙。
忌々しい敵との遭遇にロイドの血が騒いだ。
だが、ここでラヴィスにとって予想外の出来事が。
キラ達の活躍により、艦隊は降伏したのだ。
怒り狂ったラヴィスはセフィウスを地球へと向かわせた。
核搭載MSであるセフィウスは自爆をし、甚大な被害をこうむろうというのだ。
そのセフィスを追う、ロイドのブレイズ。
「G.O.D.SYSTEM」を発動させ、セフィウスを撃破するも、地球に近づきすぎたためブレイズは地球の引力に引き込まれた。
ロイドは北ヨーロッパに降り立った。
そこではザフト軍の一派オーラルと、レジスタンスが紛争を繰り広げていた。
ロイドもレジスタンス側に入り、紛争に加入。
その紛争の最中、ロイドは一人の少女とであった。
その少女の名はセフィ・エスコール。
セフィはオーラルの兵士でロイドとは戦う運命にあった。
だが、セフィはロイドの駆るブレイズの前に敗れ、レジスタンスに捕虜として捕まるが、ロイドと共にいるうちにレジスタンスに共感し、オーラル製作の新型MS
エルフィアを奪取しロイドに渡す。
更にはロイドを探していたリエン達も駆けつけ、レジスタンスの戦力は一気に増強された。
だが紛争は激化し、ついにはレジスタンスベースに核ミサイルまでもが向かう始末に。
核ミサイルを食い止めた後に、ロイドはオーラルの首領ライル・セフォードと戦う。
ロイドのエルフィアとライルのグラードは死闘を繰り広げた。
だが、慣れないMSのためかロイドのエルフィアは追い詰められる。
万事休すかとロイドが思ったとき、セフィのシグーがグラードに組み付いた。
セフィはロイドに自分ごとグラードを撃ち抜くように言うが、ロイドは動かない。
セフィは心の底から叫んだ。
その姿勢に意を決し、ロイドはエルフィアの最大兵装「リヴァイヴァ−」を放った。
「リヴァイヴァ−」の光がシグーとグラードを貫き、爆散させた。
この瞬間、オーラルは降伏し、北欧紛争はレジスタンスの勝利に終わった。
時にC.E.71、十月。
最終局面は突然動き始めた。
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